Сюжетная линия Готики 3 стартует в том месте, где завершилась Готика 2. Главный Герой, вместе с несколькими друзьями, приобретёнными во время первых двух игр, приплывает к побережью материка Мидленд (Midland) королевства Миртана. Весь материк делится на три огромные территории: * Нордмар (Nordmar) — суровый северный регион со снежными вершинами; * Варант (Varant) — жаркий южный регион с бесконечными песчаными холмами; * Миртана (Myrtana) — цветущий центральный регион с густыми лесами, шумными водопадами и реками. После длительной борьбы Миртана, королевство людей, проиграла войну против вторгшихся на их земли орков. Только сойдя с корабля, игроку придется вступить в бой за освобождение города Ардеи от орков. После этого вы можете направиться в любую точку Миртаны, Варанта или Нордмара. В игре существует 3 варианта прохождения, а именно за Инноса (за короля Миртаны Робара второго), за Белиара (за главу ассасинов Зубена) и за Аданоса (за Ксардаса). В каждом пути разная концовка. В игре три главные фракции, от выбора которой в наибольшей степени зависит концовка игры: * Повстанцы — коренное население Миртаны, изгнанники на собственной земле, оставшиеся верными королю Робару. Их лагеря разбросаны по всей средней части материка, они ведут постоянную партизанскую войну с орками, желая вернуть свои земли. Имеют четыре крупных поселения. Постоянно совершают набеги на орочьи караваны и посты, однако не решаются напасть на крупный город и всегда избегают открытого боя с орками. Сам король Робар со своей гвардией и огненными магами, в попытке спасти столицу Миртаны, Венгард, отделился от остального мира магическим куполом, не впускающим и не выпускающим ничего живого. Однако вместе с ними под куполом оказалась и часть воинства орков, захватившей практически весь город, кроме монастыря и королевской крепости. Играя за повстанцев, герой обычно принимает сторону бога Инноса. * Орки — воинствующий народ, подчинивший себе практически всю Миртану, и разместивший свои военные лагеря в ледяных просторах Нордмара. Их вождь, Кан, захватывал город за городом, и его успехи даже заставили переметнуться на сторону орков часть коренных жителей, ставшими наемниками орков. По приказу Ксардаса, ведут раскопки по всему материку в поисках артефактов Аданоса. По мнению Ксардаса, если эти артефакты попадут в руки служителей Белиара или Инноса, то на долгие годы установится владычество одного или другого бога. Играя за орков, герой обычно принимает сторону бога Аданоса. * Ассасины — богатый народ южной части материка, пустыни Варант, имеющий влияние и в Миртане, где они ведут дела с орками и выступают там в роли работорговцев. Варант отличается жарким климатом, там имеется большое количество залежей золотой руды. Величественные города ассасинов видны с больших расстояний, их небольшие деревни расположены рядом с шахтами. Без пухлого кошелька в этих городах человеку нечего делать, однако за их пределами нет ничего ценнее капли воды и острого меча. Ассасины считаются лучшими воинами, владеют техникой боя с двумя клинками, у них в городах находятся самые крупные арены, где мечтает выступить любой воин. Пустынный народ поклоняется темному богу Белиару, их темные маги золотом и молитвами отводят от остальных гневный взор Белиара, Белиар же взамен дарует ассасинам богатство и власть. Из главной крепости, Иштара, пустыней управляет Зубен, принявший в себя силу Белиара. В Иштар может войти лишь тот, кто доказал, что он друг народу Ассасинов. И только в Иштаре герой может стать мастером боя с двумя клинками. Играя за Ассасинов, герой принимает сторону Темного бога Белиара. Также в игре есть три второстепенные фракции: * Нордмарцы — народ, населяющие суровые северные земли Нордмара. Кроме того, что они отличные воины, нордмарцы являются лучшими кузнецами материка. Только в кузнице Нордмара, которая расположена внутри горы, знают, как получить чистую магическую руду. Сейчас на их земли также вторглись орки и захватили их шахту, и кланы делают все возможное, чтобы вернуть ее. В Нордмаре игрок может выучить некоторые полезные умения. И только там можно научиться ковать оружие из чистой магической руды. * Странники — лесной народ Миртаны, чтущий природу, и ненавидящий орков за то, что они принесли разруху на их родину. Странники так же, как и повстанцы, воюют с орками. Лидеры у них — друиды, изучающие магию единения с природой. В принципе, ничего особо полезного от этой фракции игрок не получит. * Кочевники — народ, как и ассасины, населяющий пустыню, и тщетно пытающийся ослабить их влияние, нападая на их караваны, шахты, и уводя их рабов. Собираются вокруг Магов Воды, которые в свою очередь, изучают древние руины. У магов воды можно научиться магии превращения. Их задание — убийство Гонсалеса, главы Мора Сул. Игроку предоставляется полная свобода действий. В зависимости от его решений, к игроку будет меняться отношение тех или иных персонажей, будет открываться или закрываться доступ к различным квестам.