Сюжет игры начинается непосредственно после окончания событий Revelations. В настоящем времени Дезмонд, его отец Уильям, Ребекка Крэйн и Шон Гастингс находят величественный Храм в пещере неподалёку от Нью-Йорка. С помощью «Яблока» Дезмонд активизирует большую часть оборудования, а также таймер, указывающий на важное событие 21 декабря 2012 года. Для того чтобы открыть путь к спасению мира, нужен ключ и четыре источника энергии. Один источник был найден в храме, а местоположение оставшихся трёх неизвестно. В храме, перед вратами, Дезмонд теряет сознание и его подключают к Анимусу, чтобы узнать, где был спрятан ключ.
Анимус переносит Дезмонда в 1754 год в воспоминания английского дворянина Хэйтема Кенуэя. Хэйтем отправляется в Ковент-Гарден, чтобы заполучить медальон, при помощи которого он и его соратники смогут узнать о «тех, кто пришли раньше». Пробравшись по балконам и за кулисами, Хэйтем добирается до своей жертвы. Забрав медальон и убив свою цель скрытым клинком, он покидает оперу. Позже, на собрании лидеров ордена Хэйтему поручают отправиться в Америку и найти Храм. Также ему дается список из пяти имен, которых он должен будет завербовать.
Добравшись до Америки, попутно предотвратив бунт на корабле и «сбросив хвост», Хэйтем прибывает в Бостон. Сперва он должен найти пять человек, которые могут ему помочь: Чарльз Ли, Уильям Джонсон, Томас Хики, Бенджамин Чёрч и Джонатан Питкерн. Разыскав этих людей, они убивают работорговца по имени Сайлас Тэтчер и освобождают группы американских индейцев-рабов, принадлежащих племени могавков. Одна из этих могавков, Гадзидзио (или Дзио), соглашается помочь Хэйтему при условии, что он убьёт генерала Эдварда «Бульдога» Брэддока. После отслеживания его движения, Хэйтем убивает Брэддока, когда он отступает в Форт Дюкен. Хэйтем и Гадзидзио отправляются в Великий Храм, однако Хэйтем разочаровывается тем, что медальон не открывает дверь. В этот момент, пара раскрывает свои романтические намерения по отношению друг к другу, и вскоре после этого, Чарльз Ли и Хэйтем возвращаются в Бостон, где Кенуэй посвящает Ли в тамплиеры.
1760 год. Рассказ переключается на Радунхагейду – сына Хэйтема. После игры в прятки с его друзьями в лесу недалеко от его деревни, Радунхагейду встречает армию колонистов во главе с Чарльзом Ли. Ли избивает мальчика и сообщает о своих намерениях «поговорить» со старейшиной, после чего мальчика оглушают и он теряет сознание. Очнувшись, герой обнаруживает, что его деревня сожжена, а мать погибает у него на глазах в пожаре.
Девять лет спустя, уже подросток Радунхагейду узнает от Матери Рода, что он не может покидать близлежащие долины, чтобы защитить Великий Храм, и та показывает ему стеклянное Яблоко, которое активизируется от его прикосновения и позволяет ему общаться с Юноной. Юнона сообщает ему, что он и его племя являются хранителями Великого Храма, и то, что если он уйдет, его деревня будет уничтожена и его люди будут убиты. После Юнона просит индейца найти ассасина Ахиллеса Дэвенпорта, чтобы он обучил юношу.
Герой находит старого ассасина, но тот велит ему убираться. Наконец, когда герой помогает ему отбиться от бандитов, Ахиллес соглашается стать его наставником. После, Радунхагейду вместе с Ахиллесом отправляются в Бостон, чтобы найти необходимые ресурсы для починки особняка. В Бостоне, Ахиллес дает герою новое имя для местных жителей – Коннор. Здесь же Коннор вступает в контакт с Сэмюэлом Адамсом. В особняке Ахиллес рассказывает Коннору о тамплиерах и том, что все они должны умереть, даже его отец – великий магистр Ордена Тамплиеров.
По возвращении в поместье, Ахиллес показывает Коннору «Аквилу», корабль, который он может использовать для патрулирования Восточного американского побережья. Так Коннор получает звание ассасина и скрытые клинки. После герой решает убить всех заговорщиков. Сначала Коннор уничтожает чай в бостонском порту, чтобы ослабить силы Тамплиеров. Уильяма Джонсона герой убивает первым, так как он хотел приобрести землю, на которой живет народ Коннора, затем Джонатана Питкерна в битве при Банкер-Хилле. В Нью-Йорке находит Томаса Хики и узнаёт, что он готовится к покушению на Джорджа Вашингтона.
Коннор выслеживает Хики, однако, после короткой потасовки обоих бросают в тюрьму. Однако, Хики не задержали надолго, так как он освободился с помощью Хэйтема и Ли. Коннора обвиняют в заговоре с целью убийства Вашингтона, и он приговорен к повешению, но Ахиллес с учениками спасают Коннора, и герой убивает Хики. Опасаясь, что Тамплиеры по-прежнему хотят убить Вашингтона, Коннор встречается с ним, который сообщает ему, что были какие-то следы у старой церкви. Коннор приходит в церковь, но там встречает отца, который сначала хотел убить сына, однако договаривается с Коннором вместе найти и убить предателя Бенджамина Чёрча. После путешествия на Карибы, Хэйтем и Коннор находят его, и герой убивает тамплиера.
Рассказывая Вашингтону последние новости, Хэйтем обнаруживает письмо, в котором Вашингтон приказал уничтожение всех коренных племен. В письме, одно из племен принадлежит Коннору. По прибытии на помощь, Коннор узнает что Ли «подговорил» Коннора остановить наступление. Коннор нейтрализует соплеменников, чтобы избежать конфликта, однако ему пришлось убить своего близкого друга детства, Ганадогона, которого подговорил Ли.
После этого Коннор становится ещё более стремительным, размышляя, что необходимо убить и Ли, и Хэйтема. Коннор придумывает план, согласно которому американцы атакуют Нью-Йорк и форт с Ли и тогда он сможет проникнуть в форт. План срабатывает, и герой входит в форт, но обнаруживает Хэйтема, который сберег Ли. Коннор вступает в схватку с Хэйтемом и убивает его.
В настоящем, время от времени, Шон находит источники энергии, необходимые Храму, чтобы открыть проход. Сначала Дезмонд отправляется на башню в Нью-Йорке, а затем на стадион в Бразилии. И там и там, его преследует Дэниэл Кросс – убийца Абстерго и один из «кротов». Во время осмотра Храма, Юнона рассказывает Дезмонду о событиях, которые привели к первой катастрофе. Во время одной из таких лекций Дезмонд рассказывает, что Люси умерла от его руки, что Яблоко открыло ему, что она была тройным агентом и намеревалась принести Яблоко в Абстерго.
Когда Шон обнаруживает третий элемент, Уильям Майлс решает добыть его сам. Однако вскоре он был схвачен в плен тамплиерами и отправлен в офис Абстерго в Италии. Через видеообращение, доктор Уоррен Видик требует от Дезмонда Яблоко в обмен на жизнь Уильяма. Дезмонд решает спасти отца. Проникнув в лабораторию (где его держали в первой части), он снова сталкивается с Кроссом. От неминуемой смерти Дезмонда спасает эффект просачивания у Кросса (его разум был поврежден из-за опытов тамплиеров). Дэниэл убегает из комнаты в панике, но Майлс догоняет его и убивает своим скрытым клинком. При помощи Яблока, Дезмонд убивает Видика и спасает отца.
В прошлом Коннор преследует Ли. После подслушивания на корабле о встрече, Коннор находит Ли в Бостоне и вступает в погоню по горящему из-за ЧП кораблю. Наконец, Коннор и Ли падают из-за взрыва вниз, Коннор получает ранение, и Чарльз спрашивает Коннора, почему он продолжает упорствовать, ведь тамплиеров не уничтожить, и его отец тому пример. Коннор отвечает: «Потому что больше некому», и стреляет Ли в грудь. Тяжело раненный Ли сбегает во Фронтир.
Коннор находит Ли в баре, и, выпив глоток из бутылки, пронзает своим ножом грудь Ли. Герой берет медальон Хэйтема с тела Ли и возвращается к своему племени в деревню, но никого там не находит. Затем он находит хрустальное Яблоко, и в видении Юнона поручает ему спрятать медальон, где никто не будет его искать. После чего Яблоко разрушается. Герой прячет медальон в могиле Коннора Дэвенпорта, сына Ахиллеса (в честь него Ахиллес и дал имя Радунхагейду).
С полученной информацией, Дезмонд находит медальон и открывает врата. Там героев встречает Юнона, которая хочет чтобы Дезмонд отдал свою жизнь для спасения мира. Однако, появившаяся Минерва показывает, что, поступая так, он невольно выпустит Юнону, что позволит ей начать завоевание мира. Она объясняет, что Юнона была предрешена давно, во время войны между Первой Цивилизацией и человечеством, когда она была частью заговора.
Минерва показывает Дезмонду, что будет если он не «спасет» мир. Полагая, что мир будет стоять, если в этом поможет Юнона, Дезмонд приказывает другим оставить его. После того, как они уходят, Дезмонд активирует пьедестал, который принимает его жизнь для спасения мира. Мир спасён. В конце появляется Юнона и обращаясь к лежащему Дезмонду, говорит что он получил своё, и теперь настало время ей получить своё, после чего уходит.
В финальных титрах звучит местами обрывающийся голос ведущего новостей, который говорит, что самое худшее позади, но ущерб нанесенный человечеству ещё не оценен.
В эпилоге Ахиллес умирает, и Коннор хоронит его рядом с сыном и женой. В подвале он сжигает портреты убитых им тамплиеров, затем узнает, что его народ ушел на запад, так как земля, на которой стоит деревня, была "кому-то продана". В Нью-Йорке Коннор становится свидетелем ухода британских войск, а также видит как в порту на аукционе продают рабов и понимает, что его борьба за свободу и справедливость ещё не закончена.
Комментариев пока нет.
